L'un des objectifs principaux de l'Association Améthyste est la mise en place d'une école pour ces enfants bien trop souvent mis à l'écart du système éducatif.

L'école Améthyste reste volontairement une petite structure, d'une quinzaine d'enfants pour trois institutrices/psychologues, ce qui permet ainsi une prise en charge personnalisée et à la mesure de la fragilité de chaque enfant. Elle permet ainsi de scolariser et d'accompagner l'enfant à partir d'un projet individualisé, élaboré en partenariat avec sa famille et l'équipe thérapeutique qui le suit. Elle permet de développer l'autonomie de l'enfant dans sa vie quotidienne et lui permet de s'intégrer socialement.
Enfin, elle créé des liens entre les familles, leur apporte un soutien et favorise les relations avec les associations ou les administrations.

Au niveau pédagogique, les enfants sont répartis en trois classes avec projets individualisé, temps scolaires aménagés, enseignement et suivi personnalisés et adaptés aux capacités de l'enfant.  Cela permet de respecter le rythme de chacun.
Les trois classes sont regroupées pour les divers ateliers proposés, les sorties culturelles ou sportives adaptées.

Au niveau éducatif, la prise en charge à l'école propose à tout moment des activités permettant d'apprendre à mieux connaître son corps, à maîtriser ses gestes, à aller au bout d'une tâche, à gagner en autonomie, à apprendre le respect de l'autre et les règles de vie en groupe.
Il est proposé aux enfants de multiples mises en situation de vécu quotidien (habillage, transports, courses...) afin de favoriser l'autonomie et les contacts sociaux.

Tout est mis en oeuvre afin de travailler conjointement avec les familles. Rencontre, écoute, entretiens, mise en relation avec d'autres familles, avec des associations ou des professionnels, aide pratique à l'élaboration de dossier. 
Des synthèses régulières sont organisées avec les professionnels qui suivent ces enfants (SESSAD, orthophonistes, hôpitaux de jour...) afin de créer la plus grande cohérence possible autour de l'enfant et de sa famille.


Les résultats obtenus

Pour les enfants : La régularité et la stabilité de la prise en charge, les cadres structurant et chaleureux ont permis à tous les enfants de progresser sur le plan comportemental (attention, concentration, confiance en soi, autonomie, diminution des crises d'angoisse, de l'instabilité...)
La prise en charge scolaire, adaptée et individualisée et les différents ateliers proposés avec la psychologue ou les autres intervenants, permettent à chacun d'évoluer au mieux de ses capacités. 
Les progrès réalisés ont permis à certains enfants d'intégrer des IMPro alors qu'ils y avaient été refusés antérieurement par manque d'autonomie.
Certains adolescents, en raison de leur progrès scolaires, pourront à terme envisager la préparation d'un CAP par le biais d'un CFA spécialisé.
Moins quantifiable mais très palpable est le plaisir qu'éprouvent ces enfants, un temps déscolarisé, à venir à l'école, à retrouver une vie sociale avec leurs copains malgré les handicaps très différents (autisme, dysphasie, trisomie, retard mental...)

Pour les familles : Outre le plaisir de voir leur enfant s'épanouir et évoluer dans un cadre rassurant mais structuré, elles vivent la situation du handicap plus sereinement et portent un regard plus confiant sur l'enfant. 
Par ailleurs, cette prise en charge permet à certaines mamans de conserver un emploi ou de retravailler, de renouer avec une vie sociale ou simplement de retrouver un espace pour elle et pour les autres membres de la famille.
La vie associative leur offre aussi la possibilité de s'investir et d'échanger avec d'autres parents.
L'accueil des familles leur offre également un lieu d'écoute et de partage.